下記のようにすればシェルでftpを実行可能です。
※ユーザID、パスワードが平文で残ってしまうことを気にするのであれば、パラメータ入力やキー入力して、ftpscript.txtを動的に生成するなどで対処は可能でしょう。

◆autoftp.sh

◆ftpscript.txt

ダウンロード
DOS版もあります。